QuPath使用指南①：下载安装、项目创建与图像导入

一、QuPath是什么？

在数字病理快速发展的今天，学界早已不再满足于单一的图像获取，对于图像中海量信息的挖掘与解读更是研究至关重要的一部分。QuPath便是在这样的背景下应运而生。

自2017年发布以来，QuPath已成为学术界最受欢迎的数字病理分析平台之一。作为一款真正意义上的开源科研工具，QuPath让研究者无需商业授权，即可构建标准化、可复现的病理图像分析流程。它能处理全视野切片（WSI），支持免疫组化、mIHC、RNA-scope 等多种类型图像的定量分析，并允许用户通过脚本实现高度自定义的批量分析流程。

特点：

Ⅰ 免费且开源：无需商业授权，可长期使用与扩展；

Ⅱ 直观的可视化与标注界面：支持灵活的注释、测量与多通道图像可视化；

Ⅲ 内置多种分析算法：覆盖常见的组织分割、细胞检测、信号定量等功能；

Ⅳ 灵活的脚本功能：通过Groovy 脚本，用户可实现流程自动化、批量分析及更深入的数据挖掘

Ⅴ 交互式机器学习：object & pixel分类器，快速训练与应用

Ⅵ 广泛图像格式支持：Bio-Formats与OpenSlide，可处理全切片及多重染色图像

Ⅶ 活跃生态与插件扩展：官方与社区持续开发新功能与算法

二、版本选择与安装

1、系统与硬件要求

操作系统支持：Windows x64 / macOS / Linux

电脑硬件：QuPath并没有对硬件有硬性要求，但为了提升大型荧光图像的分析体验，减少卡顿并同时进行多图像分析，建议选择六核以上CPU、≥32G的内存、固态硬盘等相对高端的配置。

2、软件下载与安装（以Windows系统为例）

QuPath官方网站：https://qupath.github.io/

打开链接就可以看见下载的地方，对于Windows系统，下载QuPath时有两个选项：

👉Windows installer（msi）：安装程序，双击开始安装软件，点击next一步步往下安装即可。

👉Windows installer（zip）：包含QuPath软件的压缩文件夹，直接解压缩即可使用，无需安装

为了方便后续启动软件，安装结束后，可以选择文件夹中QuPath.exe，右键发送到桌面快捷方式，后续可以直接在桌面上双击快捷图标打开

*MacOS系统和Linux系统安装，请参考官网安装说明👇：

https://qupath.readthedocs.io/en/stable/docs/intro/installation.html#

三、项目创建与图像导入（Windows系统）

1、运行QuPath

双击文件夹中的QuPath.exe应用程序，或桌面的快捷方式打开；

首次打开QuPath软件时，会弹出“Welcome to QuPath！”的欢迎窗口，直接点击“Get Started！”即可，若下次不想再继续看见该窗口，可以取消勾选右下角的“Show this on startup”，下次打开就不会再弹窗了。

或者在Edit→Preferences→General→Show welcome message中选择显示或不显示该欢迎窗口。

2、创建项目

点击Creat project，选择储存项目文件的位置，选择或新建一个空文件夹作为项目路径（建议路径无中文、空格）

Tips：导入图片之前一定要先创建项目文件，否则无法导入！

3、图像导入

①QuPath支持的图像格式：Bio-Formats × OpenSlide 的双引擎架构

图像格式	支持库	说明
.svs / .scn / .tiff	Bio-Formats / OpenSlide	常见全切片格式，建议使用OME-TIFF结构（包含金字塔层级）
.qptiff(Perkin Elmer)	Bio-Formats	原生支持，无需转换
.ndpi / .ndpis (Hamamatsu)	两者均支持； Bio-Formats支持Z-stack
.czi (Zeiss)	Bio-Formats（≥v5.3.0）	JPEG-XR压缩需额外库
.bif (Ventana)	两者均支持	若读取异常可切换另一个库
.mrxs (3D-Histech)	部分支持	仅OpenSlide支持2D、8-bit RGB；荧光或16-bit不支持
.dicom	Bio-Formats（v6.8+） OpenSlide（v4.0+）	新版QuPath（≥0.5）可直接读取WSI DICOM
.isyntax (Philips)	不支持	可转换为 OME-TIFF 后导入
OME-Zarr	新增（v0.6.0）	面向云端的开放格式，支持分块读取与并行计算