1、打开扫描图像
1)安装好SlideViewer软件后,打开已下载好的扫描文件(每个扫描图像都应包含一个文件夹以及与之同名的可执行程序.mrxs),此时文件夹中的可执行文件会变为SV图标,双击即可打开。

2)也可以先双击桌面上的SV图标打开SlideViewer软件,点击Local Computer,找到图像所在文件,点击图像即可打开。

2、主界面介绍

①打开本地目录,可选择其他切片并打开
②切片/图像信息查看
③鸟瞰图(低分辨率概览图)
④放大镜功能
⑤查看切片标签(Label)和预览效果图(预览图仅限用3Dhistech设备扫描的图才可查看)
⑥选中该功能后,按住鼠标左键可拖动图像显示区域
⑦区域/标注绘制
⑧翻转/旋转切片
⑨长度测量工具
⑩图像截取与保存
⑪放大倍数调整
⑫颜色通道调整
⑬滤镜&其他插件功能
⑭user guide下载&更多设置功能
⑮切换单通道灰度/多通道彩色模式(荧光扫描图特有),切换灰度模式时,每次只能显示一个通道
⑯打开/关闭荧光通道,调整伪彩颜色
⑰快速切片访问
⑱多视图工具,同步展示多个扫描图像,最多可同步展示9个图
3、图像信息查看
1)扫描参数查看:在“Slide operations”里打开“Slide description”,即可看到扫描参数,包括图像大小、扫描时长、每个通道的曝光时间等。

2)像素信息查看:在“Slide operations”里打开“Pixel information”,此时弹出的框里会显示鼠标左键所在位置各个通道的荧光强度(若明场图,则会显示RGB数值)


4、区域标注绘制

完成区域绘制以后,若想要换视野再次绘制,需要点击“Select&Pan”才可以拖动图片。

点击
可以查看已经绘制的Annotation,点击列表中的任一annotation,会直接跳转到该annotation的位置。

鼠标左键双击Annotation的名称,使其变为可编辑可拖动的状态,完成调整后,鼠标右键点击图中任意位置即可保存改动。

5、图像截取与保存
SV软件中可以快速截取和保存当前屏幕展示的图像区域,所见即所得。

注意:若需要固定尺寸或清晰度的截图,请选择“Custom size”,点击右下角小齿轮,更改自己需要的尺寸,右上角保存,该模式无法复制到剪贴板。

6、荧光通道开关及伪彩颜色调整

7、荧光通道亮度与背景调整

注意:在部分切片中,发现调背景和亮度都无法得到很满意的效果时(有时候调整太过会让图像看起来很假很失真),也可以尝试增大或者减小Gamma值,尤其是在高背景图像中,减小Gamma值,也会让图像的背景进一步降低。
8、多视图工具

底部两个按钮可实现对打开的多张图片进行link,随后进行放大缩小或者移动视野,多张图片会同步进行,该功能一般常用于连续组织切片或者是同一张切片的多轮扫描结果。如果两张切片的组织在玻片上贴的位置差距比较大,可以先手动找到相似或者相同的区域,再点击左边的“Link slides manually”;如果两张切片组织位置差不多,可以先对其中某一张切片找到感兴趣的位置,然后直接点击“Align slide(s) to active one”,将其他切片都跟这张切片进行对齐(active one的切片名称上会带蓝色的高亮显示)。

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