类器官做 HE、免疫组化（IHC）或免疫荧光（IF）时，需要先经过包埋和切片等步骤。

整体流程与常规组织病理处理相似，但类器官有一个非常特殊的问题：它们是培养体系中分散的许多“小个体”。

传统组织本身具有一定的体积和机械支撑，处理过程中不容易完全丢失；而类器官体积微小，在脱水中易散开、丢失。

因此，在进入常规石蜡处理之前，通常需要进行琼脂糖辅助包埋处理。

但问题来了：

所有类器官都应该先把基质胶去掉，再进行琼脂糖包埋吗？

答案是否定的。

对于结构比较稳定、数量较多、能够较容易从基质胶中完整分离出来的类器官，先收集、除胶，再进行琼脂糖包埋通常更加方便。

而对于数量少、结构脆弱、空泡状明显、除胶后容易塌陷或碎裂的类器官，强行把它们从原培养体系中剥离出来，反而会容易破坏形态。

根据类器官的数量、大小、结构稳定性以及基质去除难度，我们可以选择不同的琼脂糖包埋方式。

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